Ratos avgång 1 november 2007 skylldes officiellt privata familjeangelägenheter, men har alltid varit föremål för spekulationer. Nya uppgifter från en utredning som leds av Guardia Civil antyder att Rato var på väg att avslöjas för omfattande penningtvätt. Dagen före avgången förhördes han om tre företag i skatteparadis, som han tvingades erkänna att han hade relation till.

Den nya utredningen finner indicier om att Rato ägnade sig åt omfattande korruption och penningtvätt redan under sin tid som finansminister och vice regeringschef i José María Aznars regering. Rato har framhållits som ledaren för det spanska ekonomiska undret, men glorian har fallit de senaste åren och han är indragen i ett flertal korruptionsutredningar.