Det statliga opinionsinstitutet har varit föremål för kontinuerlig kritik sedan Pedro Sánchez tillsatte en av socialistpartiets högsta representanter, José Luís Tezanos, som direktör. Denne anklagas för bristande neutralitet och för att bruka det statliga organet som en progagandamaskin i regeringens tjänst.

Den 26 april, två dagar efter att Pedro Sánchez överraskande meddelat att övervägde sin eventuella avgång på grund av påhoppen som han och hans familj upplever, genomförde CIS en brådskande och extraordinär enkät om krisen. Sammanlagt 1.809 personer utfrågades per telefon om sina intryck av konflikten och i vilken bemärkelse den eventuellt påverkade deras röst.

Resultatet av enkäten offentliggjordes den 29 april, bara timmar efter att Sánchez framträtt och meddelat att han sitter kvar på posten. Enligt den steg sympatierna för regeringspartiet PSOE kraftigt, så pass att socialistpartiet tillskrevs ett försprång på nära tio procentenheter till Partido Popular, vilka toppar alla privata opinionsundersökningar.

PP har anmält CIS för att den publicerat resultaten av en opinionsundersökning mitt under pågående valkampanj i Katalonien och drygt en månad före EU-valet. Den brådskande undersökningen av åsikterna beträffande Pedro Sánchez time-out är särskilt uppseendeväckande mot bakgrund av att det statliga opinionsinstitutet hittills vägrat fråga befolkningen om den planerade amnestin i Katalonien. CIS har även kritiserats för att den konsekvent undviker att ställa opinionsfrågor om kungahuset.