Den första preliminära rapporten om olyckan, som presenterats av flygverket Aviación Civil, pekar på att planets vingklaffar inte var utfällda vid start. Detta är nödvändigt för att planet ska ha tillräcklig bärkraft och om klaffarna inte fälls ut ska en varningssignal aktiveras. Så skedde dock inte.

Efter en liknande olycka 1987 gick flygtillverkaren till MD-82:an ut med rekommendationer att kontrollera varningssignalen före varje start. Det skedde när den förolyckade Spanair-maskinen togs i bruk på morgonen i Barcelona, men inte före starten på Barajas.

Utredningen konstaterar vidare att klaffarna var i rätt position när planet taxade ut första gången till start. Piloterna avbröt dock manövern, efter att att de upptäckt en överhettning. Den berodde på att en avisningsmekanism var påslagen när den inte borde och denna stängdes av i enlighet med flygplansmanualen.

När planet åter taxade ut var klaffarna inte i position, någon som piloterna aldrig fick reda på. Väl på startbanan lyfte planet inte förrän i slutet av startbanan och efter bara några sekunder i luften och vid en höjd på cirka tolv meter krängde maskinen till höger och slogs i bitar mot marken. Sammanlagt 154 av de 172 ombordvarande omkom.