Det officiella dödstalet från hälsovårdsmyndigheten ligger på drygt 28 000 vilket innebär att skillnaden uppgår till mer än 16 000 personer. Centralmyndighetens siffror inkluderar än så länge endast de personer som avlidit efter att ha testats positivt. Hälsovårdsmyndighetens argument är att den följt WHO:s rekommendationer att endast inkludera de som testats positivt före sin död. WHO uppmanade dock 6 juni att ta med även de fall där det funnits en stark misstanke om att det var viruset som orsakade döden. Smittskyddsläkaren Fernando Simón menar också att siffrorna bör uppdateras enligt detta nya kriterium.

Regionernas beräkningar är väldigt snarlika de som återspeglas i studier av överdödligheten, utförda av hälsovårdsinstitutet Carlos III (44 418), statistikmyndigheten INE (44 395) och Spaniens begravningsbyråers förbund (43 985). Även om ingen tvivlar på att överdödligheten huvudsakligen kan hänföras Covid-19 så går det inte att bekräfta till hundra procent förrän dödsorsaken för varje enskild individ bekräftats, något som anges i läkarintyget för var och en av de avlidna.

Den anmärkningsvärda skillnaden mellan dödstalen från den centrala hälsovårdsmyndigheten och de 17 regionerna koncentreras framför allt till de fyra värst drabbade; Madrid, Katalonien, Castilla-La Mancha samt Castilla y León, som rapporterat 75 procent av de döda. Tusentals av dem på äldreboenden, där en majoritet uppges ha avlidit av Covid-19 även om de altdrig testades på grund av överbelastningen på sjukvården. Detta faktum komplicerar beräkningarna av den faktiska dödligheten orsakad av pandemin.