Regeringschefen José María Aznar insiterar på att de flesta indicier tyder på att det är den baskiska terroristorganisationen ligger bakom attentatet. Aznar var tydligt irriterad över insinuationerna om att regeringen skulle undanhålla information som pekar mot Al Quaeda. Motiveringen skulle vara att om Al Quaeda binds vid dådet skulle det kasta skuggor över Partido Popular och Aznar själv, för deras stöd till invasionen av Irak.
Aznar sade vid sin presskonferens att ETA är det naturliga huvudspåret, samtidigt som han försäkrade att alla teorier är föremål för utredning. Han dementerade samtidigt att regeringen skulle undanhålla information för allmänheten.

De indicier som talar mot ETA:s inblandning är dels det urskiljningslösa agerandet, dels att ingen förvarning skett, dels de detonatorer som använts och dels det band på arabiska som hittats i en stulen skåpbil. Däremot tillägnar varken de spanska eller brittiska myndigheterna någon större trovärdighet den kommuniké som skickats till en arabisk tidning i London, där Al Quaeda enligt uppgift tar på sig ansvaret för Madridattentatet.