Vera dömdes 2003 av provinsdomstolen i Madrid till fängelse för att under sin tid i socialistregeringen ha förskingrat 3,2 miljoner euro från de hemliga statliga reservfonderna. Pengarna behöll han delvis själv samt delade ut bland samarbetspartners inom terroristbekämpningen.

Vera fick uppskov med fängelsestraffet till 1 mars, för att kunna färdigställa en ansökan om förtidspension. Han fyllde nyligen 60 år. Han hade även ansökt om nåd, men denna har inte antagits av regeringen.