AENA kritiseras för att knappt använda den andra landningsbanan, av sparskäl. Detta kritiseras inte minst av näringsdepartementet Fomento, som dessutom pekar på en incident i september förra året, då två flygplan hamnade farligt nära varandra. Det var ett ankommande flygplan och ett som just skulle starta som kom endast 0,6 sjömil från varandra, medan säkerhetsbestämmelserna kräver ett avstånd på minst tre sjömil.

Näringsdepartementet påvisar att om den ena landningsbanan brukas enbart för starter och den andra för landningar elimineras risker som denna helt. Hittills har AENA dock brukat den nya banan endast när trafiken är onormalt stor, för att avlasta den ordinarie banan.